个人股权转让一直是税务监管的重点和问题多发领域，国税发[2011]50号提出，要重点关注持有大量公司股份、获得大额投资收益，从事房地产、矿产资源投资、私募股权、信托投资等活动的高收入人群，实行重点税源管理。
2018年修订的个人所得税法加大了对个人股权转让的监管力度，第十五条规定“个人转让股权申请变更登记时，市场主体登记机关应当验证与该股权交易相关的个人所得税完税凭证”。这确立了个人转让股权必须先办理纳税申报，再办理股权变更登记的规则。
2021年3月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《关于进一步深化税收征管改革的意见》，明确指出要依法加强对高收入、高净值个人的税收服务和监管。2021年底，财政部、国家税务总局发布《财政部、国家税务总局公告2021年第41号《关于股权投资经营所得个人所得税征收管理问题的公告》规定，自2022年1月1日起，持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业（以下简称“独资企业、合伙企业”）全部适用个人所得税核算征收方式。这一规定彻底斩断了通过设立个人独资企业核算、征收股权转让收入的避税渠道，使个人股权转让所得税的征管工作摆到了更加突出的位置。
01
自然人股东股权转让如何纳税
（一）普通股股权转让
根据《国家税务总局关于发布《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》的公告》（国家税务总局公告2014年第67号），个人转让股权，其应纳税所得额为股权转让所得减除股权原值和合理费用后的余额，作为“财产转让所得”缴纳个人所得税。
即个人转让普通公司股票时，其价格扣除成本后的差额即为应纳税所得额，按20%缴纳个人所得税。
（二）上市公司股权转让
1、无限售条件股份转让
根据财税字（1998）61号文件规定，对个人转让上市公司股票所得，继续暂免征收个人所得税。为促进证券市场交易，这一优惠政策自出台之日起一直沿用。
同时，根据财政部公告2019年第93号，对内地个人投资者通过沪港通、深港通投资香港联合交易所上市股票取得的转让差额所得，以及通过基金互认买卖香港基金份额取得的转让差额所得，暂免征收个人所得税。
但该政策的适用也有例外，根据后续发布的文件，个人限制性股票转让不享受该项优惠。
2、限制性股票转让情况
财税[2009]167号文件部分改变了财税[1998]61号文件的优惠政策，对个人转让限售股作出了特别规定。文件规定，个人转让限售股取得的所得，按照“财产转让所得”按20%的比例税率征收个人所得税。随后出台的财税[2010]70号文件也对个人转让限售股的纳税问题作了进一步细化规定。
值得注意的是，应纳税的限制性股票范围。根据《限制性股票个人所得税政策解释（征求意见稿）》（2010年第5号）的解读，应纳税的限制性股票主要为股改、新股限制性股票以及解禁前取得的红股，不包括股改恢复、新股上市后配售的限制性股票、新股发行时配售的新股、上市公司定向增发引入战略投资者形成的限制性股票。另外，应纳税的限制性股票不包括股权激励限制性股票。至于财政部、税务总局、法制办、证监会联合确定的其他限制性股票，是底线性规定，未来将根据实际情况另行确定。
股改限售股是我国证券市场的历史产物，正在逐步退出历史舞台。新增股份限售股主要是依据《公司法》、《上市规则》和取得办法等规定，对公司上市前原股东、董事、监事、高级管理人员转让股份进行阶段性限制。之所以要求对这些股票征税，主要是因为这些股票的股东成本较低，多数在二级市场转让股票时会获得超额收益。免税政策对促进资本市场发展作用不大，不符合税收调节收入的立法目的。
此外，在计算限制性股票应纳税所得额时，由于限制性股票并非在二级流通市场取得，取得途径复杂多样，且可能没有资料能够核实成本、股票原值及合理的税费。
应纳税所得额=限制性股票转让收入-（限制性股票原值+合理税费）
纳税人未能提供完整、真实的限售股票原值凭证，不能准确计算限售股票原值的，主管税务机关应当按照限售股票转让收入的15%核定限售股票原值和合理的税费。
3. 新三板公司股票转让
根据财税[2018]137号规定，个人转让新三板上市公司原有股票所取得的所得，按照“财产转让所得”计算，按照限售股政策，按照20%的比例税率征收个人所得税。
02
税务风险较高的常见问题
1.纳税时间的确定
股权转让一般涉及金额较大，为避免产生高额的滞纳金，确定纳税时间尤为重要。
根据69号公告，个人普通股转让，转让方为纳税人，受让方为扣缴义务人，在被投资企业所在地缴纳税款。扣缴义务人应在相关股权转让协议签订后5个工作日内，向主管税务机关报告股权转让相关情况。
实践中，股权转让往往采用分期付款的方式，且付款期限较长。在税收征管中，分期付款的扣缴义务人应在每笔付款完成后履行纳税申报义务。根据67号公告第二十条规定，有下列情形之一的，扣缴义务人、纳税人应当于次月15日内依法向主管税务机关申报纳税：（一）受让方已经支付或者部分支付股权转让价款；（二）股权转让协议已经签订并生效；（三）受让方已经实际履行股东义务或者享受股东权益；（四）国家有关部门的判决、登记或者公告已经生效；（五）本办法第三条第四项至第七项行为已经完成；（六）税务机关认定的有证据表明股权已经转让的其他情形。
但股权转让纳税义务发生时间并非股权转让合同签订时，而是股权转让合同履行完毕、股权办理变更登记、收入实现时[]。因此，若存在未申报情形，则应从合同履行完毕、股权办理变更登记之日起计算缴纳滞纳金。
（二）股权结构调整中的税务问题
纳税人为调整股权结构，将所持有的股权转让给其实际控制的公司时，虽然股权的实际控制人没有发生变化，但持有股权的法人主体发生了变化，实践中仍会按股权转让进行纳税申报。这也是很多企业引入资本后，股权结构难以改变的重要原因。股权转让的计税基础往往是股权对应的净资产的公允价值减去取得股权的成本。
股权对应的资产会随着时间的推移而增值，当股权再次转让时，资产的公允价值往往远高于取得股权的成本，此时以购买价相同的价格转让股权，相当于没有收入，往往会引发税务机关的评估。根据67号公告第十二条第（一）款规定，纳税人拟转让的股权所得低于其股权对应的净资产份额的，视为股权转让收入明显低于应得收入，主管税务机关可以按照第十四条规定核定股权转让收入。
但67号文第十三条也对明显偏低的股权转让收入作出了例外规定，只要符合第十三条所列的四种情形，股权转让收入低于净资产公允价值的，可以视为有正当理由，免于补缴。实践中，最常采用的是第（二）项，即继承或转让股权给能提供合法身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、兄弟姐妹，对转让人负有直接抚养或扶养义务的扶养人或被扶养人。特定家庭成员之间转让股权的定价，可以免于税务机关调整。此外，第（四）项中的其他合理情形，作为底线条款，体现了税务机关的自由裁量权，是与主管税务机关沟通时可以争取的部分。
例如，2022年5月，海通证券发布的《辽宁鼎吉德石油化工股份有限公司首次公开发行股票并上市发行保荐书》披露，2018年5月30日，张某将其持有的5805.8万元注册资本、辛某将其持有的1701.7万元注册资本转让给其设立的一人有限公司，转让价格为每股注册资本1元。2018年5月31日，营口市老边区地方税务局出具了《关于自然人股东向其设立的一人有限公司转让股权是否应缴纳个人所得税的请示复函》：鉴于该公司目前的实际情况，该局尚未找到针对该行为征收个人所得税的相关政策依据。根据国家税务总局公告2014年第67号《股权转让所得个人所得税管理办法》第十三条（四）规定，股权转让方能够提供其他合理情形，并有效证明其合理性的，视为具有正当理由，不征收个人所得税。
（三）代持情形下的股权转让问题
基于多方面的考虑，实践中代持行为十分常见，只要不是以他人名义投资，名义股东与实际投资人之间签订的持股合同在司法实践中均视为有效[]。但在税法层面，对于代持情形下的股权转让的纳税人是名义股东还是实际投资人，存在不同意见。
《国家税务总局厦门市税务局关于政协十三届四次会议第1112号提案处理问题的复函》（厦税函[2020]125号）就此问题作出了解释，虽然只是厦门市税务局的一份谈判文件，甚至还不是地方性规范性文件，但对于此问题的处理依然具有重要的参考价值。根据125号文件，《公司法司法解释三》的相关规定只是规定人民法院承认代持合同具有法律效力，规范代持当事人之间的民事法律关系，并不构成对《公司注册资本登记管理条例》中关于股东出资规定的调整或变更。根据《公司注册资本登记管理条例》的规定，股东应当以自己的名义出资。因此，在股权持有的情况下，股权转让的纳税义务仍然归属于以工商管理部门名义登记的股东。为避免重复征税，当实际投资者为个人时，显性股东将税后股息红利收入和股权转让收入转让给隐性股东（自然人），根据法律规定，这些收入不属于应缴纳个人所得税的收入；但如果实际投资者为公司，则相当于搭建了双层股权架构，代持会产生税负。隐性股东（企业）基于持有合同关系取得从显性股东产生的所得时，应按规定缴纳企业所得税。显性股东（企业）取得的股息红利收入支付给隐性股东（企业）时，同样会产生额外的所得税负担。
（四）税收套餐条款的效力问题
实践中，为规避税务风险，不少交易都会在合同中约定相关税负由一方承担，即所谓的包税条款。该条款是双方真实有效的协议，不违反法律、行政法规的强制性规定，应视为有效。个人所得税虽然随股权交易而产生，但征税的目的不在于交易过程，而在于调节个人因交易而产生的超额收入，因此，获得收入的转让方即为纳税人。“股权转让所产生的一切费用，均由受让方承担”的包税条款非常笼统，在双方没有明确约定的情况下，个人所得税仍应由法定纳税人承担。
在杨碧珊与深圳市嘉家豪投资发展有限公司（2021）最高民诉初4455号股权转让纠纷案中，杨某与嘉家豪公司签订《股权转让合同》，将其持有的某公司股权转让给嘉家豪公司。A公司向杨某出具保证书，承诺“股权转让所产生的一切税费均由嘉家豪公司承担”。合同签订后，嘉家豪公司将股权转让款全部支付给杨某。后税务机关向杨某追缴了涉案6500万元对价所产生的个人所得税。杨某起诉嘉家豪公司按照保证书的约定向其支付。最高法院经过一审、二审及再审，认为保证书是对股权转让合同项下费用的承诺，并未约定个人所得税由谁承担。该案属于双方未明确约定个人所得税实际纳税人的情况，杨某作为法定纳税人，承担上述个人所得税，符合商业交易的基本规则，故判决由杨某个人承担。
[] 参见国税函[2005]130号《国家税务总局关于纳税人转让股权征收个人所得税问题的批复》
[]《最高人民法院关于若干问题的规定（三）》（2020年修正）第二十四条。