纳税人购进农产品抵扣进项税时，不同的抵扣凭证有不同的抵扣方式，分为核定抵扣、计算抵扣和核定扣除三种方式。若符合条件，还可同时适用加计扣除政策。本文通过案例分析不同情况下如何抵扣进项税，并提示存在税务风险。
如何推断第一个输入
注：农产品进项税抵扣率政策演变：1994年1月1日至2001年12月31日，税率为10%；2002年1月1日至2017年6月30日，税率为13%；2017年7月1日至2018年4月30日，税率为11%（加计扣除2%）；2018年5月1日至2019年3月31日，税率为10%（加计扣除2%）；2019年4月1日以后，税率为9%（加计扣除1%）。
1. 取得增值税专用发票
纳税人购进农产品，取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
自2020年3月1日起，增值税一般纳税人对2017年1月1日及以后开具的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票，取消认证、核销、比对、申报扣除期限限制。纳税人如需申报抵扣增值税进项税额或办理出口退税、代退税的，应登录增值税发票综合服务平台确认发票用途。
依据：《国家税务总局关于取消增值税扣缴凭证认证确认期等增值税征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）
（一）向一般纳税人购购增值税专用发票
1.用于农产品初加工
例1、某企业2020年5月向一般纳税人购进牛尾，用于生产牛毛（税率9%），取得票面金额1000元、税率9%、增值税额90元、价税合计1090元的增值税专用发票，可抵扣进项税额90元，当月已全部使用。
购买时：
借：原料-牛尾1000
应交税费 - 应交增值税（进项税额） 90
贷记：应付账款 1090
接收时：
借：生产成本 1000
贷款：原材料-牛尾 1000
2.对用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例2：某企业向一般纳税人购进牛尾用于生产洗羊毛（税率13%），取得票面金额1000元的增值税专用发票，税率9%，税额90元，价税合计1090元，可抵扣进项税100元，原材料当月使用量占总原材料用量的一半。
购买时：
借：原料-牛尾1000
应交税费 - 应交增值税（进项税额） 90
贷记：应付账款 1090
领取时：农产品进项税加计扣除=90×1/2÷9%×1%=5元
借：生产成本 495
应交税费 - 应交增值税（进项税额） 5
贷款：原材料 500
（二）向小规模纳税人购购增值税专用发票
1.初加工部分，按增值税专用发票上注明的金额，按照9%的扣除率计算进项税额。
例3、某企业2022年3月向小规模纳税人购进牛尾，用于生产牛毛（9%税率），取得票面价值1000、征收率3%、税额30、价税合计1030元的增值税专用发票，可抵扣进项税总额90元，当月用掉原材料一半。
借：原料-牛尾940
应交税费 - 应交增值税（进项税额） 90
贷记：应付账款 1030
接收时：
借：生产成本 470
信用：原材料 470
如果你取得1%税率的农产品专用发票，可以按照9%抵扣进项税吗？
参阅2021年8月31日国家税务总局网站互动交流，留言公开回复：“根据《财政部 国家税务总局关于简化增值税税率有关问题的通知》（财税[2017]37号）第二条、《财政部 国家税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税[2018]32号）第二条、《财政部 国家税务总局 海关总署关于深化增值税改革政策的公告》（财政部 国家税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条规定，纳税人购进农产品，从按增值税计税基础计算缴纳增值税的小规模纳税人处取得增值税专用发票的， 3%税率的，以增值税专用发票上注明的金额，按照9%的扣除率计算进项税额；纳税人购进农产品用于13%税率货物生产或者委托加工的，按照10%的扣除率计算进项税额。
如果你公司购进农产品，销售农产品的小规模纳税人选择放弃增值税减免政策，开具3%税率的增值税专用发票，你公司在取得小规模纳税人开具的3%税率的增值税专用发票后，可以按照上述规定计算抵扣进项税额。
2.对用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例4、某企业向小规模纳税人购进牛尾，用于生产洗羊毛（税率13%），取得票面金额1000元、征收率3%、税额30元的增值税专用发票，价税合计1030元，可抵扣进项税总额100元，原材料当月使用量占总用量的一半。
购买时：
借：原料-牛尾940
应交税费 - 应交增值税（进项税额） 90
贷记：应付账款 1030
接收时：
借：生产成本 465
应交税费 - 应交增值税（进项税额） 5
信用：原材料 470
（三）纳税人购进农产品，既用于自产自销或者委托加工13%税率货物，又用于生产销售其他货物和服务的，纳税人应当分别核算用于自产自销或者委托加工13%税率货物的农产品和其他货物和服务的进项税额；纳税人未分别核算进项税额的，以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
2. 取得海关进口增值税缴款通知书
进项税额为海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
3.取得（开具）农产品收购发票或销售发票
（1）购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或者购货发票时，按照农产品销售发票或者购货发票上载明的农产品购货价格，按9%的扣除率计算进项税额。
注：根据财税[2017]37号规定，《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第（三）项及本通知所称销售发票，是指农业生产者销售自产的适用增值税免税政策的农产品开具的普通发票。纳税人从批发、零售环节购进适用增值税免税政策的蔬菜和部分鲜活肉类、鸡蛋等取得的普通发票，不能作为计算抵扣进项税额的凭证。
例5、某企业向农户收购自产牛尾，用于生产牛毛（9%税率），开具农产品收购发票98784元，可抵扣进项税总额为98784×9%=8890.56元，原材料成本=票面价值98784×91%=89893.44元。
借：原料-牛尾 89893.44
应交税费 - 应交增值税（进项税） 8890.56
贷记：应付账款 98784
（二）对于购进用于生产、销售或者代加工的农产品，税率为13%，按照10%的扣除率计算进项税额。
例6：某企业向农业合作社采购了净毛牛尾（税率13%），取得农产品销售发票98784元，可抵扣进项税额合计为98784元×10%=9878.40元，本月已全部使用。
（1）购买时：
借：原料-牛尾 89893.44
应交税费 - 应交增值税（进项税） 8890.56
贷记：应付账款 98784
（2）领取下列附加扣除：
公式：农产品进项税额加计扣除额=当期生产所用农产品票面税率（扣除率）的扣税额÷票面税率（扣除率）×1%。=8890.56÷9%×1%=987.84
借：生产成本 88905.60
应交税费 - 应交增值税（进项税） 987.84
贷记：原材料 89893.44
（三）未进行单独核算的情形
纳税人购进农产品，既用于自产自销或者委托加工13%税率货物，又用于生产销售其他货物和服务的，纳税人应当分别核算用于自产自销或者委托加工13%税率货物的农产品和其他货物和服务的进项税额；纳税人未分别核算的，按照农产品购进发票或者销售发票上载明的农产品购进价格，按照9%的扣除率统一计算进项税额。
4.可同时申请10%的附加扣除
生活性服务业纳税人兼营农产品深加工的，可同时申请农产品加计扣除、附加减免政策。
根据《关于明确增值税小规模纳税人增值税减免政策的公告》（财政部、国家税务总局公告2023年第1号）规定，自2023年1月1日至2023年12月31日，对生活性服务业纳税人，允许在当期准予抵扣的进项税额基础上加按10%抵扣应纳税额。纳税人同时从事农产品深加工的，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，可按10%的税率计算抵扣进项税额，同时适用加按抵扣政策。
例七：某公司为一般纳税人，主营业务为植物维护保养，兼营农产品生产，自2022年1月起植物维护保养销售额占总销售额50%以上，自2023年1月1日起适用13%加计扣除政策。2023年1月采购农产品10000元，用于生产蔬菜罐头，当月已全部使用，当期其他一般应税项目进项税额可抵扣合计2000元。
分析：由于该农产品用于深加工，允许按1000元的10%抵扣进项税，其他可抵扣进项税为2000元，A公司可加计扣除的进项税额为3000元，可加计扣除应纳税额300元。
5.农产品扣除
为加强农产品增值税进项税抵扣管理，自2012年7月1日起，部分行业试点纳税人购进农产品时不再凭增值税抵扣凭证抵扣增值税进项税，而是按照一定的进项税认定方法进行抵扣。自2013年9月1日起，相关权限下放至省级。目前，各省的认定和抵扣试点行业不尽相同。
六、填写申请表
示例8：2019年6月，某一般纳税人从一般纳税人处购进农产品，取得票面金额10000元、税额900元的增值税专用发票；从小规模纳税人处购进农产品，取得金额10000元、税额300元的增值税专用发票；从农户处购进20000元免税农产品并开具农产品收购发票，随后用10000元农产品生产了税率为13%的货物，已按规定分别核算。
分析：
1、向一般纳税人取得专用发票，以增值税专用发票上注明的增值税额900元作为进项税额；
2.向小规模纳税人取得专用发票，按增值税专用发票上注明的金额10000元、扣除率9%计算进项税额为900元；
3、开具农产品购进发票的，按扣除率10%（其中实际使用时扣除1%）计算的进项税额为20000×9%+10000×1%=1900元，可抵扣进项税额=10000×9%+10000×9%+20000×9%+10000×1%=3700元。
附录：增值税纳税申报表填写
二、税务风险
1.购进农产品未索取增值税专用发票，缺少扣税凭证，导致无法抵扣进项税。
2.您购进农产品时，取得税务机关开具的增值税专用发票，在办理增值税纳税申报时，按照发票上注明的税额（3%税率对应的增值税额）填写附表（二）第一栏和第二栏，从而少抵扣进项税额。
3.小规模纳税人从批发、零售环节购进农产品，取得普通发票，抵扣进项税额。
（一）向批发零售纳税人购进免税蔬菜
（二）从批发、零售纳税人购进免税鲜活肉类、蛋类产品
4.对从农业生产者收购的农产品和从批发、零售环节收购的农产品不单独核算。
建议索取农业生产者开具的普通发票，并在备注栏或者具体农产品名称后注明“农业生产者生产”，以免难以区分。
5.2019年4月1日前购进的农产品，用于4月1日后生产或者委托加工13%税率货物，错误地加计扣除2%。
对4月1日后采购的用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，不论4月1日之前或之后采购，统一适用1%的加计扣除。
6.购进农产品既用于生产销售或委托加工13%税率货物，又用于生产销售其他货物或服务的，用于生产销售或委托加工13%税率货物和其他货物或服务的农产品进项税额不得单独计算；不单独计算的，企业必须统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额作为进项税额，或按照农产品购进发票或销售发票上注明的农产品购进价格，按照9%的扣除率计算进项税额。
7.未按照规定计算抵扣进项税额。
存在农产品平均收购价格计算错误、扣除率适用错误，或专用发票上的农产品在进项税额扣除后又被再次扣除，造成重复扣除等风险。
8.未按规定开具农产品收购发票
（1）从非农业生产者购进农产品，开具农产品收购发票，存在进项税不能抵扣的风险。
（二）开具农产品发票名称超出52号文件注释所列农产品范围，例如，开具了洗净羊毛、洗净羊毛制品、中成药、方便面、熟水产、熟肉制品、桂圆油等农产品发票。
（三）发生交易，但人为操纵农产品收购数量或价格，导致不缴或者少缴税款，存在受到行政处罚，甚至被认定为开具虚开发票的风险。
（四）未发生交易，但开具虚假农产品收购发票。
虚开农产品收购发票或者销售发票的行为，有遭受行政处罚甚至刑事追诉的风险。
为骗取出口退税、减税而开具虚开的增值税专用发票或者其他发票的行为，是指为他人开具虚开发票、为自己开具虚开发票、委托他人为自己开具虚开发票、介绍他人开具虚开发票的行为。
《发票管理办法》第三十七条规定，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开发票金额不足1万元的，可以处5万元以下罚款；虚开发票金额1万元以上的，可以处5万元以上50万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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