土地使用权转让的方式有四种，各方式的纳税情况总结如下：
01
直接转移法
直接出让土地使用权是最简单的操作方式，在出让过程中，出让方涉及的税种主要有以下三种（其他次要税种暂不考虑）：
1.增值税
按照财税部2016年47号文件规定，营业税改前取得的土地使用权，可以选择简易计税方法，即从取得的总价款和其他费用中减除土地使用权原价作为销售额，按照5%的税率计算缴纳增值税；
营业税改革后取得土地使用权的，按照财税部2016年36号文件规定，按照9%缴纳增值税。
2.土地增值税
根据土地增值税暂行条例的规定，转让国有土地使用权和地上建筑物、附着物，取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税人，应当依照本条例规定缴纳土地增值税。
由于该地块土地尚未开工建设，计算土地增值税时，只能以转让价减去原购置价及附加税后的增值额为准，按照30%-60%的适用税率计算缴纳土地增值税。
3. 企业所得税
企业转让土地使用权所取得的转让收入，减除购置成本和相关税费后的余额，为企业应纳税所得额，按照25%的税率（或企业享受的优惠税率）计算缴纳企业所得税。
02
当投资超过25%时，转入在建项目。
若投资额超过25%，转让方作为在建项目转让，需缴纳以下三大税种：
1.增值税
根据国家税务总局公告2016年第14号，对营业税改革前开工的在建工程销售，可适用简易计税方法，以取得的总价款和其他费用作为销售额，按照5%的税率计算纳税，相应的土地价款不得扣除；
如果是营业税改革后开工的在建项目，适用一般计税方法，以取得的总价款和附加减去相应的土地价款后的金额为销售额，按照9%的税率缴纳增值税。
2.土地增值税
如果投资额超过25%，转让在建项目发生的土地成本、开发成本可以加计扣除。
3. 企业所得税
企业转让土地使用权所取得的转让收入减除购置成本和相关税费后的余额，为企业应纳税所得额，按照25%的税率（或企业享受的优惠税率）计算缴纳企业所得税。
03
土地使用权转让转为公司股权转让
由于双方直接转让公司股权，无需转让土地使用权，不存在土地使用权转让的情况，因此转让方在转让过程中无需缴纳增值税和土地增值税，股东需缴纳印花税和所得税。
1. 印花税
由于印花税属于行为税，因此在发生股权转让时，无论是法人股东还是自然人股东，都应就财产转让文书缴纳印花税，税率为股权转让金额的0.5%。
2. 所得税
转让方为企业股东的，其股权转让收入扣除股权原值和合理费用后的余额，计入企业应纳税所得额，按照25%的税率（或企业享受的优惠税率）计算缴纳企业所得税；
转让方为自然人股东的，其股权转让收入扣除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按财产转让收入缴纳20%的个人所得税，该部分个人所得税的扣缴义务人为股权支付款项的支付人。
总结：
通过以上分析，方法一是直接出让土地使用权，操作简单，但根据《城市房地产管理法》第38条规定，开发项目未完成总开发投资的25%以上的，将无法出让土地。
方式二：投资超过25%后，以在建项目转让。自然不存在土地转让的问题，但这里需要考虑的是投资额由哪一方出资，转让方需要考虑资金能否满足以及后续的开发问题。如果受让人投资25%后取得在建项目，由于此投资过程中土地使用权不属于受让人，因此需要通过协议或协议提前规划投资风险，避免损失。当然，由于投资，转让过程中税负的增加或减少也是双方谈判的重要筹码。
方法三是将土地使用权转让转为公司股权转让，由于暂时规避了土地使用权转让的各种税费，受到不少房企青睐。但方法三也有一定的局限性，比如，如果一家公司有多个开发项目，就不适合进行股权转让；如果股权转让收入明显偏低，又无正当理由，主管税务机关可以认定为股权转让收入。
实践中，有的企业采用如下的第四种方法：
04
企业将土地出资投入全资子公司，再将全资子公司股权转让
第一步：公司将土地投入到全资子公司，涉及的税费主要有以下三种：
1.增值税
根据财税函〔2016〕36号文件附件1规定，销售服务、无形资产或不动产，是指企业有偿提供服务或者转让无形资产或不动产的行为，“有偿”是指企业取得货币、货物或其他经济利益的行为。
母公司以土地出资入股子公司，取得子公司股权时，视为取得了其他经济利益，因此母公司以土地出资入股子公司时需缴纳增值税。
2.土地增值税
根据《土地增值税暂行条例实施细则》，转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并获得收益，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。
母公司以土地出资取得子公司股权，视为以其他方式有偿转让房地产，因此母公司以土地出资取得子公司股权时需计算缴纳土地增值税。
3. 企业所得税
根据财税[2014]109号第三条规定，100%直接控制的居民企业之间，或受同一家或多家居民企业100%直接控制的居民企业之间按账面价值转让股权或资产，如果具有合理商业目的且不以减少、免除或延缓缴纳税收为主要目的，且股权或资产转让后连续12个月内未改变被转让股权或资产原实质性经营活动，且转让方企业和受让方企业会计均未确认损益的，可以选择按照以下规定进行特殊性税务处理：1.转让方企业和受让方企业均不确认收入；2.受让方企业取得被转让股权或资产的计税基础，以被转让股权或资产原账面价值为准；3.受让方企业取得被转让资产的折旧扣除，以原账面价值为准计算。
因此，若满足上述条件，母公司将对子公司的投资视为一项投资，双方均不确认收益，也不必缴纳企业所得税；若不满足上述条件，则母公司需要计算缴纳企业所得税。
步骤二：公司将土地投资款划转至全资子公司后，按照上述划转方式三所述划转全资子公司股权，涉及股东所得税及印花税，在此不再详述。
这种将土地出资放入全资子公司，再将全资子公司股权转让的方式，由于双方均为母子公司，在不失公平的情况下，可以尽量减少出资额，从而减少各项税负。但由于这不仅涉及到出资转让，还涉及到后续的子公司股权转让，如果流程处理不周，也会带来很大的风险。
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